W raporcie opublikowanym przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Poznaniu, wg badań przeprowadzonych w 2012 roku Jezioro Wapińskie posiada wody I klasy czystości.
Klasyfikacja elementów biologicznych, fizykochemicznych i hydromorfologicznych w jednolitej części wód.
- biologicznych – I (STAN BARDZO DOBRY)
- fizykochemicznych – STAN DOBRY
- hydromorfologicznych – I KLASA